En juillet de la même année, Michael commence le tournage d'un court métrage novateur pour les parcs Dinsey, baptisé : Captain EO. Ce mini film de 17 minutes se veut un grand spectacle et est tourné en 3D. Il est confié aux deux réalisateurs : Francis Ford Coppola et Georges Lucas ! James Horner (B.O de Titanic) est également convié à créer les musiques du film. Michael travail dans son coin sur deux chansons qui serviront pendant le film. Il présentera ainsi : "We Are Here To Change The World" et "Another Part Of Me". On retrouvera ce dernier dans l'album "Bad" mais avec des arrangements différents.
Michael profite de sa nouvelle fortune pour acquérir en août 1985 le catalogue ATV, un catalogue musicale de plus de 4000 titres dont 251 des Beatles. La firme Coca-Cola ainsi que Paul McCartney (ancien membre du groupe) et Yoko Ono (veuve de John Lennon) étaient également sur l'affaire. Mais Michael a été le plus rapide et le plus mâlin, s'assurant de l'amitié de Robert Homes, l'ancien propriétaire du catalogue. Paul McCartney fou de rage n'adressa plus jamais la parole à Michael après ça. L'amitié entre les deux hommes n'aura durée que quelques années.

Captain EO raconte l'éternelle histoire entre le bien et le mal. Michael y interprète le rôle d'un jeune Capitaine nommé "EO" qui se voit confier une mission, celle de libérer une planète des griffes de la reine maléfique interpètée par Angelica Houston. Pour cela, il est aidé de son équipe : The Geex, sorte de siamois, mélange de Chewbacca et de Polux, Hooter, un éléphant sur deux pattes qui fait de la trompette avec sa trompe, Major Domo, un robot tout droit sortit des productions des années 40 et Fuzzball, un singe papillon volant avec une queue de rat !
La première partie du film a surtout été élaborée par Lucas. Le combat dans l'espace et l'arrivée sur la planète de la reine fait immédiatement penser aux Star Wars. EO et son équipe se font alors capturer par les gardes de la reine et sont livrés à cette dernière. Michael fait alors appel à son pouvoir, à savoir, la musique jouée par ses partenaires. Major Domo se transforme en divers instruments de musique. The Geex jouent de la batterie, Hooter joue de l'orge et Fuzzball de la guitarre. Michael se lance alors dans une chorégraphie magistrale et convertit grâce à son pouvoir les gardes de la reine en gentils danseurs. Tout cela bien sûr en 3D. Ainsi, on a l'impression que Michael danse devant vous : c'est une sacrée expérience !